Từ cuối năm 1947 đến đầu năm 1948 phe cộng sản và phe không cộng sản trong cả nội các lẫn quốc hội tranh chấp ngày càng gay gắt.[8] Tháng 2 năm 1948 giọt nước làm tràn ly, Nosek vượt quyền hạn, cố gắng thanh trừ các phần tử không cộng sản còn lại bên trong cảnh sát. Nhà sử học John Grenville nhận định, bộ máy an ninh và cảnh sát đang trở thành công cụ của Đảng Cộng sản Tiệp Khắc và đe doạ các quyền tự do cơ bản của công dân.[8]

Ngày 12 tháng 2 những thành viên không cộng sản trong nội các đòi phạt những bộ trưởng cộng sản làm trái luật và yêu cầu họ ngừng phá hoại chính phủ. Nosek được Gottwald ủng hộ, không chịu tuân theo. Nosek cùng các bộ trưởng cộng sản khác doạ dùng sức mạnh để chống cự lại. Để lánh bị quốc hội bỏ phiếu không tin dùng, ông huy động người ủng hộ trong cả nước ra đường. Ngày 21 tháng 2 mười hai bộ trưởng không cộng sản bỏ chức để phản kháng Nosek không chịu cho tám viên cảnh sát cấp cao không cộng sản phục chức, bất chấp số đông trong nội các ủng hộ việc đó.[6] Hầu hết các bộ trưởng ở lại hoặc là đảng viên, hoặc ủng hộ Đảng Cộng sản Tiệp Khắc, như lãnh tụ Đảng Dân chủ Xã hội Zdeněk Fierlinger.[9]

Dân binh và cảnh sát tiếp quản Praha. Phe cộng sản tổ chức biểu tình, cùng lúc giải tán một cuộc biểu tình của sinh viên chống cộng. Trụ sở của các bộ không dưới quyền Đảng Cộng sản Tiệp Khắc bị chiếm đóng, công chức bị sa thải, đến nỗi bộ trưởng không cộng sản không thể vào được bộ của chính mình.[10] Bộ trưởng Quốc phòng Ludvík Svoboda, tuy không có đảng phái nhưng để cho phe cộng sản xâm nhập giới sĩ quan, cấm quân đội can thiệp.[10][11] Đảng Cộng sản Tiệp Khắc thành lập các “Ủy ban Hành động”, công đoàn có vũ khí và cử họ xuống đường. Công việc thanh trừ những phần tử chống cộng được sửa soạn. Trước 100.000 người Gottwald doạ tổ chức bỏ làm việc khắp nước, trừ phi Beneš đồng ý thành lập chính phủ mới có số đông cộng sản. Thứ trưởng ngoại giao Liên Xô Valerian Zorin, từng đóng ở Tiệp Khắc làm đại sứ từ năm 1945 đến năm 1947, đến Praha giúp yên định cuộc đảo chính. Zorin xin Gottwald để cho Quân Đỏ xử lí, bấy giờ đóng trại ở đường ranh. Gottwald khước từ lời đề xuất, tin rằng mối đe doạ bạo lực cùng sức ép chính trị nặng nề sẽ bẻ gãy Beneš; sau cuộc đảo chính ông nói, Beneš “biết sức mạnh là gì, cho nên hắn phải suy xét [tình hình] một cách thực tế”.[6]

Ngày 25 tháng 2 năm 1948 Beneš để các bộ trưởng không cộng sản từ chức và thành lập chính phủ mới theo đòi hỏi của KSČ. Gottwald tiếp tục làm thủ tướng. Nay chính phủ hầu hết bao gồm đảng viên KSČ và phái ủng hộ Liên Xô của Đảng Dân chủ Xã hội. Chính phủ bề ngoài vẫn là liên minh với các Đảng Nhân dân, Đảng Xã hội Quốc gia Séc, và Đảng Dân chủ Slovakia. Tuy nhiên, phe cộng sản bên trong những đảng này đã lên nắm quyền và các bộ trưởng “ngoài đảng” đều do Đảng Cộng sản Tiệp Khắc lựa chọn. Chỉ có Bộ trưởng Ngoại giao Jan Masaryk là thành viên chính phủ độc lập. Hai tuần sau tìm thấy ông chết dưới cửa sổ tầng ba.[12] Một số bạn bè và người ngưỡng mộ tin rằng Masaryk tự tử vì hết còn hy vọng, còn các nước phương Tây thì lâu nay ngờ ông thực ra bị ném chết. Lawrence S. Kaplan cho rằng tư liệu lưu trữ của Liên Xô xác nhận ông bị giết.[13]

Những bộ trưởng không cộng sản tưởng Beneš sẽ không chịu cho họ từ chức mà giữ lại làm chính phủ lâm thời, phe cộng sản sẽ bị ép nhường bước. Đúng thật là ban đầu Beneš không cho thành lập chính phủ mới chỉ bao gồm Đảng Cộng sản Tiệp Khắc. Tuy nhiên, trước bầu không khí ngày càng căng thẳng cùng các cuộc biểu tình lớn khắp cả nước do phe cộng sản phát động, Beneš quyết định không nghiêng về phe không cộng sản, sợ KSČ sẽ gây ra bạo động, Quân Đỏ được cớ vào nước lập lại trật tự.[6]

Grenville nhận xét, nếu Beneš đã giữ vững chỗ đứng thì phe cộng sản sẽ không thể thành lập chính phủ. Ông cho rằng chỉ có hai lối thoát khủng hoảng một cách hoà bình: hoặc nhường bước phe không cộng sản, hoặc liều tổ chức bầu cử sớm không thể bị thao túng kịp ngày. Phe không cộng sản có thể đã nhanh chóng ra tay trước khi phe cộng sản nắm toàn quyền kiểm soát cảnh sát và khống chế cuộc bầu cử.[8] Ông cũng chê các bộ trưởng không cộng sản dường như không nhận ra tình thế khác hoàn toàn so với thời trước chiến tranh; họ không thấy là phe cộng sản đang huy động dân chúng để cướp quyền hành.

Đảng Cộng sản Tiệp Khắc nhanh chóng củng cố chính quyền. Hàng nghìn người bị sa thải và hàng trăm người bị bắt. Hàng nghìn người trốn ra nước ngoài để tránh chế độ cộng sản.[14] Mặc dù được bầu lên tự do hai năm trước, Quốc hội đồng lòng tin dùng chính phủ mới của Gottwald vào tháng 3, sau khi chín đại biểu từ chức.[15][16]

Ngày 9 tháng 5 bản hiến pháp mới được quốc hội thông qua, quy định Tiệp Khắc là “nhà nước dân chủ nhân dân.” Tuy văn kiện không nhắc tới Đảng Cộng sản Tiệp Khắc, Beneš vẫn không chịu kí tên vào văn bản vì quá giống hiến pháp của Liên Xô. Ngày 30 tháng 5 năm 1948 người dân đi bầu cử, chỉ được bỏ phiếu lựa chọn danh đơn của ​​Mặt trận Quốc gia. Mặt trận chính thức giành được 89,2% số phiếu bầu, có Đảng Cộng sản Tiệp Khắc chiếm đại đa số 214 ghế.[17] Đảng được thêm ghế sau khi hấp thụ Đảng Dân chủ Xã hội vào cuối năm. Mọi đảng khác đã tranh cử vào năm 1946 cũng có chân trong Mặt trận Quốc gia và được ghế trong quốc hội. Tuy nhiên, tất cả đều đã trở thành đối tác trung thành của Đảng Cộng sản Tiệp Khắc, còn số ít thành viên của những đảng đó mà không chịu quy phục thì hoặc ngồi tù hoặc lưu vong. Mặt trận Quốc gia được cải tổ thành tổ chức quần chúng dưới quyền Đảng Cộng sản Tiệp Khắc. Không một nhóm chính trị đối lập nào được phép hoạt động.[14][18][19][20] Beneš bị những việc này giày vò, từ chức vào ngày 2 tháng 6, được Gottwald kế nhiệm 12 ngày sau.[12][20] Tháng 9 ông qua đời.[12]